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Eine tiefe Pflugfurche mindert den Sporenflug im Folgejahr, Minimalbodenbearbeitung und Strohdüngung fördert ihn. In gefährdeten Gebieten hat man verringerte Aussaatdichte und reichliche Düngung als potentielle Prophylaxe-Faktoren geprüft, die Ergebnisse sind nicht immer eindeutig. Zusammenfassend kann man sagen, dass alle Faktoren, die die Reinfektion des Bodens durch Pflanzenreste mindern und die ein gutes Abtrocknen der Ähren (Sortenwahl!) in regenreichen Sommern gewährleisten, sicherlich zur Verminderung der Disposition zu Fusarientoxinbelastungen beitragen. Verfahren des ökologischen Landbaus sind bei Einhaltung bestimmter Grundprinzipen, z.B. Verzicht auf Mais und bei Vermeidung getreidereicher Fruchtfolgen, zumindest ein Ansatz, um die Fusarienbelastung zu senken. Bei Untersuchungen von Lebensmitteln aus ökologischem Anbau ließ sich bei einer begrenzten Zahl von Untersuchungen jedoch kein grundsätzlicher Vorteil dieser Wirtschaftsform hinsichtlich Nachweisfrequenz und Höhe der Kontamination ermitteln (Schollenberger et al., 2001).

Die Resistenzzüchtung bietet ganz offensichtlich ein gutes Potential, da die genetische Vielfalt vieler Getreidearten hinsichtlich Fusarienresistenz Chancen eröffnet. Nach Miedaner et al. (2000) sind etwa sieben neuere Weizensorten als gut oder zumindest begrenzt fusarienresistent einzustufen. Die Behandlung von wachsendem Getreide mit Spritzmitteln erwies sich nur teilweise als effektiv. Wichtig ist nicht nur eine Reduktion des Myzelbesatzes sondern auch der Toxinkonzentration. In unserer Forschergruppe in Hohenheim konnte sogar gezeigt werden, dass bei Einsatz nur teilwirksamer Spritzmittel ein Rückgang der Myzelmasse begleitet sein kann von einem Anstieg der Toxinkonzentration. Es gilt also Mittel oder Mittelkombinationen einzusetzen, die neben der Pilzreduktion auch eine ausreichende Minderung der Toxinbildung sicherstellen.

Auch mikrobielle Enzymsysteme, die einen Abbau von Trichothecenen und Zearalenon katalysieren, könnten auf mittelfristige Sicht zu einer Minderung der toxischen Wirkung beitragen. Dieses könnte einerseits durch Etablierung transgener Sorten zu einer speziellen Pflanzenresistenz genutzt werden, zum anderen könnten solche Enzymsysteme bei biotechnischer Produktion auch als Zusatzstoffe zu Futter Verwendung finden.